@Test public void testSizeBeforeLoc() { GenomeLoc r1 = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 3, 5); GenomeLoc r2 = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 10, 12); GenomeLoc r3 = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 16, 18); mSortedSet.addAll(Arrays.asList(r1, r2, r3)); testSizeBeforeLocX(2, 0); testSizeBeforeLocX(3, 0); testSizeBeforeLocX(4, 1); testSizeBeforeLocX(5, 2); testSizeBeforeLocX(6, 3); testSizeBeforeLocX(10, 3); testSizeBeforeLocX(11, 4); testSizeBeforeLocX(12, 5); testSizeBeforeLocX(13, 6); testSizeBeforeLocX(15, 6); testSizeBeforeLocX(16, 6); testSizeBeforeLocX(17, 7); testSizeBeforeLocX(18, 8); testSizeBeforeLocX(19, 9); testSizeBeforeLocX(50, 9); testSizeBeforeLocX(50, (int) mSortedSet.coveredSize()); }
/** * Create a sorted genome location set from a list of GenomeLocs. * * @param locs the list<GenomeLoc> * @return the sorted genome loc list */ public static GenomeLocSortedSet createSetFromList(GenomeLocParser parser, List<GenomeLoc> locs) { GenomeLocSortedSet set = new GenomeLocSortedSet(parser); set.addAll(locs); return set; }