@Test
public void testSizeBeforeLoc() {
GenomeLoc r1 = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 3, 5);
GenomeLoc r2 = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 10, 12);
GenomeLoc r3 = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 16, 18);
mSortedSet.addAll(Arrays.asList(r1, r2, r3));
testSizeBeforeLocX(2, 0);
testSizeBeforeLocX(3, 0);
testSizeBeforeLocX(4, 1);
testSizeBeforeLocX(5, 2);
testSizeBeforeLocX(6, 3);
testSizeBeforeLocX(10, 3);
testSizeBeforeLocX(11, 4);
testSizeBeforeLocX(12, 5);
testSizeBeforeLocX(13, 6);
testSizeBeforeLocX(15, 6);
testSizeBeforeLocX(16, 6);
testSizeBeforeLocX(17, 7);
testSizeBeforeLocX(18, 8);
testSizeBeforeLocX(19, 9);
testSizeBeforeLocX(50, 9);
testSizeBeforeLocX(50, (int) mSortedSet.coveredSize());
}
/**
* Create a sorted genome location set from a list of GenomeLocs.
*
* @param locs the list<GenomeLoc>
* @return the sorted genome loc list
*/
public static GenomeLocSortedSet createSetFromList(GenomeLocParser parser, List<GenomeLoc> locs) {
GenomeLocSortedSet set = new GenomeLocSortedSet(parser);
set.addAll(locs);
return set;
}