@Test
public void deleteAllByRegion() {
GenomeLoc e = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 100);
mSortedSet.add(e);
for (int x = 1; x < 101; x++) {
GenomeLoc del = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, x, x);
mSortedSet = mSortedSet.subtractRegions(new GenomeLocSortedSet(genomeLocParser, del));
}
assertTrue(mSortedSet.isEmpty());
}
@Test
public void deleteSomeByRegion() {
GenomeLoc e = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 100);
mSortedSet.add(e);
for (int x = 1; x < 50; x++) {
GenomeLoc del = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, x, x);
mSortedSet = mSortedSet.subtractRegions(new GenomeLocSortedSet(genomeLocParser, del));
}
assertTrue(!mSortedSet.isEmpty());
assertTrue(mSortedSet.size() == 1);
GenomeLoc loc = mSortedSet.iterator().next();
assertTrue(loc.getStop() == 100);
assertTrue(loc.getStart() == 50);
}
