@Test public void testAdd() { GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 0, 0); assertTrue(mSortedSet.size() == 0); mSortedSet.add(g); assertTrue(mSortedSet.size() == 1); }
@Test(expectedExceptions = IllegalArgumentException.class) public void testAddDuplicate() { assertTrue(mSortedSet.size() == 0); GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 0, 0); mSortedSet.add(g); assertTrue(mSortedSet.size() == 1); mSortedSet.add(g); }
@Test public void addRegion() { assertTrue(mSortedSet.size() == 0); GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 50); mSortedSet.add(g); GenomeLoc f = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 30, 80); mSortedSet.addRegion(f); assertTrue(mSortedSet.size() == 1); }
@Test public void addRegionsOutOfOrder() { final String contigTwoName = header.getSequenceDictionary().getSequence(2).getSequenceName(); assertTrue(mSortedSet.size() == 0); GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigTwoName, 1, 50); mSortedSet.add(g); GenomeLoc f = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 30, 80); mSortedSet.addRegion(f); assertTrue(mSortedSet.size() == 2); assertTrue(mSortedSet.toList().get(0).getContig().equals(contigOneName)); assertTrue(mSortedSet.toList().get(1).getContig().equals(contigTwoName)); }
@Test public void mergingOverlappingAbove() { GenomeLoc e = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 0, 50); GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 49, 100); assertTrue(mSortedSet.size() == 0); mSortedSet.add(g); assertTrue(mSortedSet.size() == 1); mSortedSet.addRegion(e); assertTrue(mSortedSet.size() == 1); Iterator<GenomeLoc> iter = mSortedSet.iterator(); GenomeLoc loc = iter.next(); assertEquals(loc.getStart(), 0); assertEquals(loc.getStop(), 100); assertEquals(loc.getContigIndex(), 1); }
@Test(expectedExceptions = IllegalArgumentException.class) public void addThrowsException() { assertTrue(mSortedSet.size() == 0); GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 50); mSortedSet.add(g); GenomeLoc f = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 30, 80); mSortedSet.add(f); }
@Test public void deleteSomeByRegion() { GenomeLoc e = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 100); mSortedSet.add(e); for (int x = 1; x < 50; x++) { GenomeLoc del = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, x, x); mSortedSet = mSortedSet.subtractRegions(new GenomeLocSortedSet(genomeLocParser, del)); } assertTrue(!mSortedSet.isEmpty()); assertTrue(mSortedSet.size() == 1); GenomeLoc loc = mSortedSet.iterator().next(); assertTrue(loc.getStop() == 100); assertTrue(loc.getStart() == 50); }
@Test public void fromSequenceDictionary() { mSortedSet = GenomeLocSortedSet.createSetFromSequenceDictionary(this.header.getSequenceDictionary()); // we should have sequence assertTrue(mSortedSet.size() == GenomeLocSortedSetUnitTest.NUMBER_OF_CHROMOSOMES); int seqNumber = 0; for (GenomeLoc loc : mSortedSet) { assertTrue(loc.getStart() == 1); assertTrue(loc.getStop() == GenomeLocSortedSetUnitTest.CHROMOSOME_SIZE); assertTrue(loc.getContigIndex() == seqNumber); ++seqNumber; } assertTrue(seqNumber == GenomeLocSortedSetUnitTest.NUMBER_OF_CHROMOSOMES); }
@Test public void deleteSuperRegion() { GenomeLoc e = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 10, 20); GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 70, 100); mSortedSet.add(g); mSortedSet.addRegion(e); assertTrue(mSortedSet.size() == 2); // now delete a region GenomeLoc d = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 15, 75); mSortedSet = mSortedSet.subtractRegions(new GenomeLocSortedSet(genomeLocParser, d)); Iterator<GenomeLoc> iter = mSortedSet.iterator(); GenomeLoc loc = iter.next(); assertTrue(loc.getStart() == 10); assertTrue(loc.getStop() == 14); assertTrue(loc.getContigIndex() == 1); loc = iter.next(); assertTrue(loc.getStart() == 76); assertTrue(loc.getStop() == 100); assertTrue(loc.getContigIndex() == 1); }