/**
* By stworzyć drzewo należy mieć sekwencje protein w formie listy, w której wszystkie sekwencje
* są tej samej długości. Teoria była na wykładzie, tutaj tylko ważne jest, że ta f-cja robi
* odpowiednie przesunięcia i wkłada do odpowiedniej struktury.
*/
private void alignSequences() {
multipleSequenceAlignment = new MultipleSequenceAlignment<ProteinSequence, AminoAcidCompound>();
Profile<ProteinSequence, AminoAcidCompound> profile =
Alignments.getMultipleSequenceAlignment(sequences);
List<AlignedSequence<ProteinSequence, AminoAcidCompound>> l = profile.getAlignedSequences();
ProteinSequence p;
for (int i = 0; i < l.size(); i++) {
Sequence<AminoAcidCompound> s = l.get(i);
p = new ProteinSequence(s.getSequenceAsString(), s.getCompoundSet());
p.setAccession(s.getAccession());
multipleSequenceAlignment.addAlignedSequence(p);
}
}
public TwoBitSequenceReader(Sequence<C> sequence) {
super(new TwoBitArrayWorker<C>(sequence), sequence.getAccession());
}