Exemple #1
0
 /**
  * By stworzyć drzewo należy mieć sekwencje protein w formie listy, w której wszystkie sekwencje
  * są tej samej długości. Teoria była na wykładzie, tutaj tylko ważne jest, że ta f-cja robi
  * odpowiednie przesunięcia i wkłada do odpowiedniej struktury.
  */
 private void alignSequences() {
   multipleSequenceAlignment = new MultipleSequenceAlignment<ProteinSequence, AminoAcidCompound>();
   Profile<ProteinSequence, AminoAcidCompound> profile =
       Alignments.getMultipleSequenceAlignment(sequences);
   List<AlignedSequence<ProteinSequence, AminoAcidCompound>> l = profile.getAlignedSequences();
   ProteinSequence p;
   for (int i = 0; i < l.size(); i++) {
     Sequence<AminoAcidCompound> s = l.get(i);
     p = new ProteinSequence(s.getSequenceAsString(), s.getCompoundSet());
     p.setAccession(s.getAccession());
     multipleSequenceAlignment.addAlignedSequence(p);
   }
 }
 public TwoBitSequenceReader(Sequence<C> sequence) {
   super(new TwoBitArrayWorker<C>(sequence), sequence.getAccession());
 }