コード例 #1
0
 public ArchiveorigParam(BaseManager manager, AxisID axisID) {
   this.manager = manager;
   if (axisID == AxisID.FIRST) {
     mode = Mode.AXIS_A;
   } else if (axisID == AxisID.SECOND) {
     mode = Mode.AXIS_B;
   }
   File stack = Utilities.getFile(manager, false, axisID, DatasetTool.STANDARD_DATASET_EXT, "");
   commandArray =
       new String[] {
         "python", "-u", BaseManager.getIMODBinPath() + COMMAND_NAME, "-PID", stack.getName()
       };
   outputFile = Utilities.getFile(manager, false, axisID, "_xray.st.gz", "");
 }
コード例 #2
0
ファイル: AutodocTest.java プロジェクト: imod-mirror/IMOD
 public void testBeadtrack() throws FileNotFoundException, IOException, LogFile.LockException {
   // TEMP
   if (Utilities.isWindowsOS()) {
     return;
   }
   ReadOnlyAutodoc autodoc =
       AutodocFactory.getInstance(manager, AutodocFactory.BEADTRACK, AxisID.ONLY, false);
   assertFalse(autodoc.isError());
 }
コード例 #3
0
ファイル: AutodocTest.java プロジェクト: imod-mirror/IMOD
 public void testCpu()
     throws LogFile.LockException, IOException, SystemProcessException, InvalidParameterException {
   if (Utilities.isWindowsOS()) {
     return;
   }
   ReadOnlyAutodoc autodoc =
       AutodocFactory.getInstance(
           manager,
           TestUtilites.INSTANCE.copyTestFile(
               AutodocTests.TEST_ROOT_DIR.getAbsolutePath(), TEST_DIR_NAME, "cpu.adoc"),
           false);
   assertFalse(autodoc.isError());
 }
コード例 #4
0
ファイル: EtomoLogger.java プロジェクト: imod-mirror/IMOD
 public void logMessage(Loggable loggable, AxisID axisID) {
   if (loggable == null) {
     return;
   }
   try {
     SwingUtilities.invokeLater(
         new AppendLater(
             Utilities.getDateTimeStamp(), loggable.getName(), loggable.getLogMessage(), axisID));
   } catch (LogFile.LockException e) {
     e.printStackTrace();
     SwingUtilities.invokeLater(new AppendLater("Unable to log message:", e.getMessage()));
   } catch (IOException e) {
     e.printStackTrace();
     SwingUtilities.invokeLater(new AppendLater("Unable to log message:", e.getMessage()));
   }
 }
コード例 #5
0
ファイル: AutodocTest.java プロジェクト: imod-mirror/IMOD
 public void testSimple()
     throws LogFile.LockException, IOException, SystemProcessException, InvalidParameterException {
   if (Utilities.isWindowsOS()) {
     return;
   }
   ReadOnlyAutodoc autodoc =
       AutodocFactory.getInstance(
           manager,
           TestUtilites.INSTANCE.copyTestFile(
               AutodocTests.TEST_ROOT_DIR.getAbsolutePath(), TEST_DIR_NAME, "simple.adoc"),
           false);
   // only use with getTestInstance
   // autodoc.runInternalTest(AutodocFactory.InternalTestType.PARSER,false,false);
   // only use with getInstance
   // autodoc.printStoredData();
   assertFalse(autodoc.isError());
 }
コード例 #6
0
ファイル: EtomoLogger.java プロジェクト: imod-mirror/IMOD
 public void logMessage(final String message, final boolean timestamp, final boolean newline) {
   SwingUtilities.invokeLater(
       new AppendLater((timestamp ? Utilities.getDateTimeStamp() : null), message, newline));
 }
コード例 #7
0
ファイル: EtomoLogger.java プロジェクト: imod-mirror/IMOD
 public void logMessage(final String message) {
   SwingUtilities.invokeLater(new AppendLater(Utilities.getDateTimeStamp(), message));
 }
コード例 #8
0
ファイル: EtomoLogger.java プロジェクト: imod-mirror/IMOD
 public void logMessage(final String title, final AxisID axisID) {
   SwingUtilities.invokeLater(new AppendLater(Utilities.getDateTimeStamp(), title, axisID));
 }
コード例 #9
0
ファイル: EtomoLogger.java プロジェクト: imod-mirror/IMOD
 public void logMessage(final AxisID axisID, final ArrayList<String> message) {
   SwingUtilities.invokeLater(new AppendLater(Utilities.getDateTimeStamp(), message, axisID));
 }
コード例 #10
0
ファイル: EtomoLogger.java プロジェクト: imod-mirror/IMOD
 public void logMessage(String title, AxisID axisID, String[] message) {
   SwingUtilities.invokeLater(new AppendLater(Utilities.getDateTimeStamp(), title, message));
 }
コード例 #11
0
ファイル: EtomoLogger.java プロジェクト: imod-mirror/IMOD
 public void logMessage(String line1, String line2) {
   SwingUtilities.invokeLater(new AppendLater(Utilities.getDateTimeStamp(), line1, line2));
 }