protected void processSpectrum(SpectrumData spectrum, IDiscoveryDataHolder hd) { double score; if (USE_EXPECTED) score = spectrum.getExpectedValue(); else //noinspection ConstantConditions score = spectrum.getHyperScoreValue(); if (spectrum.isTrueHit()) { hd.addTrueDiscovery(score); // if (spectrum.isModified()) // m_ModifiedHandler.addTrueDiscovery(score); // else // m_UnModifiedHandler.addTrueDiscovery(score); } else { hd.addFalseDiscovery(score); if (spectrum.isModified()) throw new UnsupportedOperationException("Fix This"); // ToDo // m_ModifiedHandler.addFalseDiscovery(score); // else // m_UnModifiedHandler.addFalseDiscovery(score); } }