Exemplo n.º 1
0
 @Test(expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 public void testAddDuplicate() {
   assertTrue(mSortedSet.size() == 0);
   GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 0, 0);
   mSortedSet.add(g);
   assertTrue(mSortedSet.size() == 1);
   mSortedSet.add(g);
 }
Exemplo n.º 2
0
 @Test(expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 public void addThrowsException() {
   assertTrue(mSortedSet.size() == 0);
   GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 50);
   mSortedSet.add(g);
   GenomeLoc f = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 30, 80);
   mSortedSet.add(f);
 }
Exemplo n.º 3
0
 @Test
 public void testAdd() {
   GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 0, 0);
   assertTrue(mSortedSet.size() == 0);
   mSortedSet.add(g);
   assertTrue(mSortedSet.size() == 1);
 }
Exemplo n.º 4
0
  @Test
  public void substractComplexExample() {
    GenomeLoc e = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 20);
    mSortedSet.add(e);

    GenomeLoc r1 = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 3, 5);
    GenomeLoc r2 = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 10, 12);
    GenomeLoc r3 = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 16, 18);
    GenomeLocSortedSet toExclude =
        new GenomeLocSortedSet(genomeLocParser, Arrays.asList(r1, r2, r3));

    GenomeLocSortedSet remaining = mSortedSet.subtractRegions(toExclude);
    //        logger.debug("Initial   " + mSortedSet);
    //        logger.debug("Exclude   " + toExclude);
    //        logger.debug("Remaining " + remaining);

    assertEquals(mSortedSet.coveredSize(), 20);
    assertEquals(toExclude.coveredSize(), 9);
    assertEquals(remaining.coveredSize(), 11);

    Iterator<GenomeLoc> it = remaining.iterator();
    GenomeLoc p1 = it.next();
    GenomeLoc p2 = it.next();
    GenomeLoc p3 = it.next();
    GenomeLoc p4 = it.next();

    assertEquals(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 2), p1);
    assertEquals(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 6, 9), p2);
    assertEquals(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 13, 15), p3);
    assertEquals(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 19, 20), p4);
  }
Exemplo n.º 5
0
  @Test
  public void overlap() {
    for (int i = 1; i < 6; i++) {
      final int start = i * 10;
      mSortedSet.add(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, start, start + 1));
    }

    // test matches in and around interval
    assertFalse(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 9, 9)));
    assertTrue(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 10, 10)));
    assertTrue(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 11, 11)));
    assertFalse(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 12, 12)));

    // test matches spanning intervals
    assertTrue(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 14, 20)));
    assertTrue(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 11, 15)));
    assertTrue(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 30, 40)));
    assertTrue(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 51, 53)));

    // test miss
    assertFalse(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 12, 19)));

    // test exact match after miss
    assertTrue(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 40, 41)));

    // test matches at beginning of intervals
    assertFalse(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 5, 6)));
    assertTrue(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 0, 10)));

    // test matches at end of intervals
    assertFalse(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 52, 53)));
    assertTrue(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 51, 53)));
    assertFalse(mSortedSet.overlaps(genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 52, 53)));
  }
Exemplo n.º 6
0
 /**
  * create a list of genomic locations, given a reference sequence
  *
  * @param dict the sequence dictionary to create a collection from
  * @return the GenomeLocSet of all references sequences as GenomeLoc's
  */
 public static GenomeLocSortedSet createSetFromSequenceDictionary(SAMSequenceDictionary dict) {
   GenomeLocParser parser = new GenomeLocParser(dict);
   GenomeLocSortedSet returnSortedSet = new GenomeLocSortedSet(parser);
   for (SAMSequenceRecord record : dict.getSequences()) {
     returnSortedSet.add(
         parser.createGenomeLoc(record.getSequenceName(), 1, record.getSequenceLength()));
   }
   return returnSortedSet;
 }
Exemplo n.º 7
0
 @Test
 public void addRegion() {
   assertTrue(mSortedSet.size() == 0);
   GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 50);
   mSortedSet.add(g);
   GenomeLoc f = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 30, 80);
   mSortedSet.addRegion(f);
   assertTrue(mSortedSet.size() == 1);
 }
Exemplo n.º 8
0
 @Test
 public void deleteAllByRegion() {
   GenomeLoc e = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 100);
   mSortedSet.add(e);
   for (int x = 1; x < 101; x++) {
     GenomeLoc del = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, x, x);
     mSortedSet = mSortedSet.subtractRegions(new GenomeLocSortedSet(genomeLocParser, del));
   }
   assertTrue(mSortedSet.isEmpty());
 }
Exemplo n.º 9
0
 @Test
 public void addRegionsOutOfOrder() {
   final String contigTwoName = header.getSequenceDictionary().getSequence(2).getSequenceName();
   assertTrue(mSortedSet.size() == 0);
   GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigTwoName, 1, 50);
   mSortedSet.add(g);
   GenomeLoc f = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 30, 80);
   mSortedSet.addRegion(f);
   assertTrue(mSortedSet.size() == 2);
   assertTrue(mSortedSet.toList().get(0).getContig().equals(contigOneName));
   assertTrue(mSortedSet.toList().get(1).getContig().equals(contigTwoName));
 }
Exemplo n.º 10
0
 @Test
 public void deleteSomeByRegion() {
   GenomeLoc e = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 1, 100);
   mSortedSet.add(e);
   for (int x = 1; x < 50; x++) {
     GenomeLoc del = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, x, x);
     mSortedSet = mSortedSet.subtractRegions(new GenomeLocSortedSet(genomeLocParser, del));
   }
   assertTrue(!mSortedSet.isEmpty());
   assertTrue(mSortedSet.size() == 1);
   GenomeLoc loc = mSortedSet.iterator().next();
   assertTrue(loc.getStop() == 100);
   assertTrue(loc.getStart() == 50);
 }
Exemplo n.º 11
0
 @Test
 public void mergingOverlappingAbove() {
   GenomeLoc e = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 0, 50);
   GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 49, 100);
   assertTrue(mSortedSet.size() == 0);
   mSortedSet.add(g);
   assertTrue(mSortedSet.size() == 1);
   mSortedSet.addRegion(e);
   assertTrue(mSortedSet.size() == 1);
   Iterator<GenomeLoc> iter = mSortedSet.iterator();
   GenomeLoc loc = iter.next();
   assertEquals(loc.getStart(), 0);
   assertEquals(loc.getStop(), 100);
   assertEquals(loc.getContigIndex(), 1);
 }
Exemplo n.º 12
0
  @Test
  public void deleteSuperRegion() {
    GenomeLoc e = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 10, 20);
    GenomeLoc g = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 70, 100);
    mSortedSet.add(g);
    mSortedSet.addRegion(e);
    assertTrue(mSortedSet.size() == 2);
    // now delete a region
    GenomeLoc d = genomeLocParser.createGenomeLoc(contigOneName, 15, 75);
    mSortedSet = mSortedSet.subtractRegions(new GenomeLocSortedSet(genomeLocParser, d));
    Iterator<GenomeLoc> iter = mSortedSet.iterator();
    GenomeLoc loc = iter.next();
    assertTrue(loc.getStart() == 10);
    assertTrue(loc.getStop() == 14);
    assertTrue(loc.getContigIndex() == 1);

    loc = iter.next();
    assertTrue(loc.getStart() == 76);
    assertTrue(loc.getStop() == 100);
    assertTrue(loc.getContigIndex() == 1);
  }
Exemplo n.º 13
0
  public GenomeLocSortedSet(GenomeLocParser parser, Collection<GenomeLoc> l) {
    this(parser);

    for (GenomeLoc e : l) add(e);
  }
Exemplo n.º 14
0
 public GenomeLocSortedSet(GenomeLocParser parser, GenomeLoc e) {
   this(parser);
   add(e);
 }