Exemplo n.º 1
0
  public List<Pair<Rectangle, Feature2D>> findNearbyFeaturePairs(
      MatrixZoomData zd, int chrIdx1, int chrIdx2, int x, int y, int n) {
    double binOriginX = getXContext().getBinOrigin();
    double binOriginY = getYContext().getBinOrigin();
    double scale = getScaleFactor();

    return feature2DHandler.findNearbyFeaturePairs(
        zd, chrIdx1, chrIdx2, x, y, n, binOriginX, binOriginY, scale);
  }
Exemplo n.º 2
0
 private void clearFeatures() {
   trackManager.clearTracks();
   feature2DHandler.clearLists();
 }
Exemplo n.º 3
0
  public void removeLoadedAnnotation(String path) {

    feature2DHandler.removeFeaturePath(path);
  }
Exemplo n.º 4
0
 public void toggleFeatureOpacity(boolean status) {
   feature2DHandler.toggleFeatureOpacity(status);
 }
Exemplo n.º 5
0
 public void enlarge2DFeaturePlotting(boolean status) {
   feature2DHandler.enlarge2DFeaturePlotting(status);
 }
Exemplo n.º 6
0
 public void setSparseFeaturePlotting(boolean status) {
   feature2DHandler.setSparseFeaturePlotting(status);
 }
Exemplo n.º 7
0
 public List<Feature2D> getVisibleFeatures(int chrIdx1, int chrIdx2) {
   return feature2DHandler.getVisibleFeatures(chrIdx1, chrIdx2);
 }
Exemplo n.º 8
0
 public List<Feature2DList> getAllVisibleLoopLists() {
   return feature2DHandler.getAllVisibleLoopLists();
 }
Exemplo n.º 9
0
 public void loadLoopList(String path) {
   feature2DHandler.loadLoopList(path, chromosomes);
 }
Exemplo n.º 10
0
 public void setLoopsInvisible(String path) {
   feature2DHandler.setLoopsInvisible(path);
 }
Exemplo n.º 11
0
 public void setShowLoops(boolean showLoops) {
   feature2DHandler.setShowLoops(showLoops);
 }