protected void initializeFlowCellChannel(Session sess, Element n, FlowCellChannel channel)
throws Exception {
if (n.getAttributeValue("number") != null && !n.getAttributeValue("number").equals("")) {
channel.setNumber(new Integer(n.getAttributeValue("number")));
} else {
channel.setNumber(null);
}
if (n.getAttributeValue("idFlowCell") != null
&& !n.getAttributeValue("idFlowCell").equals("")) {
channel.setIdFlowCell(new Integer(n.getAttributeValue("idFlowCell")));
}
if (n.getAttributeValue("idSequencingControl") != null
&& !n.getAttributeValue("idSequencingControl").equals("")) {
channel.setIdSequencingControl(new Integer(n.getAttributeValue("idSequencingControl")));
} else {
channel.setIdSequencingControl(null);
}
if (n.getAttributeValue("startDate") != null && !n.getAttributeValue("startDate").equals("")) {
channel.setStartDate(this.parseDate(n.getAttributeValue("startDate")));
} else {
channel.setStartDate(null);
}
if (n.getAttributeValue("firstCycleDate") != null
&& !n.getAttributeValue("firstCycleDate").equals("")) {
channel.setFirstCycleDate(this.parseDate(n.getAttributeValue("firstCycleDate")));
} else {
channel.setFirstCycleDate(null);
}
if (n.getAttributeValue("firstCycleDate") != null
&& !n.getAttributeValue("firstCycleDate").equals("")) {
channel.setFirstCycleDate(this.parseDate(n.getAttributeValue("firstCycleDate")));
} else {
channel.setFirstCycleDate(null);
}
if (n.getAttributeValue("firstCycleFailed") != null
&& !n.getAttributeValue("firstCycleFailed").equals("")) {
channel.setFirstCycleFailed(n.getAttributeValue("firstCycleFailed"));
}
if (n.getAttributeValue("lastCycleDate") != null
&& !n.getAttributeValue("lastCycleDate").equals("")) {
channel.setLastCycleDate(this.parseDate(n.getAttributeValue("lastCycleDate")));
} else {
channel.setLastCycleDate(null);
}
if (n.getAttributeValue("lastCycleFailed") != null
&& !n.getAttributeValue("lastCycleFailed").equals("")) {
channel.setLastCycleFailed(n.getAttributeValue("lastCycleFailed"));
}
if (n.getAttributeValue("clustersPerTile") != null
&& !n.getAttributeValue("clustersPerTile").equals("")) {
channel.setClustersPerTile(new Integer(n.getAttributeValue("clustersPerTile")));
} else {
channel.setClustersPerTile(null);
}
if (n.getAttributeValue("fileName") != null && !n.getAttributeValue("fileName").equals("")) {
channel.setFileName(n.getAttributeValue("fileName"));
}
if (n.getAttributeValue("sampleConcentrationpM") != null
&& !n.getAttributeValue("sampleConcentrationpM").equals("")) {
channel.setSampleConcentrationpM(
new BigDecimal(n.getAttributeValue("sampleConcentrationpM")));
} else {
channel.setSampleConcentrationpM(null);
}
if (n.getAttributeValue("numberSequencingCyclesActual") != null
&& !n.getAttributeValue("numberSequencingCyclesActual").equals("")) {
channel.setNumberSequencingCyclesActual(
new Integer(n.getAttributeValue("numberSequencingCyclesActual")));
} else {
channel.setNumberSequencingCyclesActual(null);
}
if (n.getAttributeValue("pipelineDate") != null
&& !n.getAttributeValue("pipelineDate").equals("")) {
channel.setPipelineDate(this.parseDate(n.getAttributeValue("pipelineDate")));
} else {
channel.setPipelineDate(null);
}
if (n.getAttributeValue("pipelineFailed") != null
&& !n.getAttributeValue("pipelineFailed").equals("")) {
channel.setPipelineFailed(n.getAttributeValue("pipelineFailed"));
}
if (n.getAttributeValue("isControl") != null && !n.getAttributeValue("isControl").equals("")) {
channel.setIsControl(n.getAttributeValue("isControl"));
}
if (n.getAttributeValue("phiXErrorRate") != null
&& !n.getAttributeValue("phiXErrorRate").equals("")) {
channel.setPhiXErrorRate(new BigDecimal(n.getAttributeValue("phiXErrorRate")));
} else {
channel.setPhiXErrorRate(null);
}
if (n.getAttributeValue("read1ClustersPassedFilterM") != null
&& !n.getAttributeValue("read1ClustersPassedFilterM").equals("")) {
channel.setRead1ClustersPassedFilterM(
new BigDecimal(n.getAttributeValue("read1ClustersPassedFilterM")));
} else {
channel.setRead1ClustersPassedFilterM(null);
}
if (n.getAttributeValue("q30PercentForDisplay") != null
&& !n.getAttributeValue("q30PercentForDisplay").equals("")) {
channel.setQ30Percent(
new BigDecimal(n.getAttributeValue("q30PercentForDisplay")).movePointLeft(2));
} else {
channel.setQ30Percent(null);
}
if (n.getAttributeValue("sampleConcentrationpM") != null
&& !n.getAttributeValue("sampleConcentrationpM").equals("")) {
channel.setSampleConcentrationpM(
new BigDecimal(n.getAttributeValue("sampleConcentrationpM")));
} else {
channel.setSampleConcentrationpM(null);
}
}
