Exemplos de Atom.setPDBserial em Java

Exemplo n.º 1

Arquivo: HetatomImplTest.java Projeto: altunkaya/biojava

  @Test
  public void testHasAminoAtoms() {

    Atom CA = new AtomImpl();
    CA.setName("CA");
    CA.setElement(Element.C);
    CA.setPDBserial(1);
    Atom C = new AtomImpl();
    C.setName("C");
    C.setElement(Element.C);
    C.setPDBserial(2);
    Atom N = new AtomImpl();
    N.setName("N");
    N.setElement(Element.N);
    N.setPDBserial(3);
    Atom O = new AtomImpl();
    O.setName("O");
    O.setElement(Element.O);
    O.setPDBserial(4);
    Atom OXT = new AtomImpl();
    OXT.setName("OXT");
    OXT.setElement(Element.O);
    OXT.setPDBserial(5);

    Group g = new HetatomImpl();
    g.addAtom(CA);
    g.addAtom(C);
    g.addAtom(N);
    g.addAtom(O);

    assertTrue(g.hasAminoAtoms());

    g = new HetatomImpl();
    g.addAtom(CA);
    g.addAtom(C);
    g.addAtom(N);
    g.addAtom(O);
    g.addAtom(OXT);

    assertTrue(g.hasAminoAtoms());

    g = new AminoAcidImpl();
    g.addAtom(CA);
    g.addAtom(C);
    g.addAtom(N);
    g.addAtom(O);

    assertTrue(g.hasAminoAtoms());

    g = new HetatomImpl();
    g.addAtom(CA);
    g.addAtom(C);
    g.addAtom(N);
    assertFalse(g.hasAminoAtoms());

    g = new HetatomImpl();
    g.addAtom(CA);
    g.addAtom(C);
    g.addAtom(N);
    g.addAtom(OXT);

    assertFalse(g.hasAminoAtoms());
  }