public void rebuildMaps() { participantMap.clear(); reactionMap.clear(); for (MetabolicReaction rxn : this) { for (MetabolicParticipant m : rxn.getReactants()) { participantMap.get(m.getMolecule().getIdentifier()).add(rxn); } for (MetabolicParticipant m : rxn.getProducts()) { participantMap.get(m.getMolecule().getIdentifier()).add(rxn); } reactionMap.put(rxn.getIdentifier(), rxn); } }