/**
* Este metodo nos permite hacer una busqueda por subestructura dentro de un conjunto reducido de
* todos los registros de la base de datos.<br>
* Este grupo de moleculas en el que se realizara la busqueda viene determinado por un parametro
* del metodo.<br>
* <br>
*
* @param mol Cadena donde esta guardado el codigo smiles de la subestructura que deberan contener
* todas aquellas moleculas que nos devuelva este metodo.
* @param resultados Array unidimensional con los ids de aquellos registros de la base de datos
* entre los que se realizara la busqueda.
* @param familia Familia a la que deben pertencer los compuestos a buscar.
* @param subfamilia Subfamilia(o grupo) a la que deben pertencer los compuestos a buscar.
* @param subsubfamilia Subsubfamilia(o tipo) a la que deben pertencer los compuestos a buscar.
* @return Object[][] Array bidimensional con la informacion correspondiente a cada uno de los
* compuestos que cumplen las condiciones de busqueda, contiene el identificador, el smiles,
* el jme y el jmeDesplazamiento. Donde IdMoleculaX, idMoleculaY e idMoleculaZ estaran
* contenidos en el array resultados
*/
public static Object[][] rebusqueda(
String mol,
int[] resultados,
String familia,
String subfamilia,
String subsubfamilia,
String nombre,
String nombresemi,
String formula) {
Object res[][] = null;
String ids = "";
String smiles = "";
String jme = "";
String jmedes = "";
String jmenum = "";
// Preparamos la busqueda por subestructura
MolSearch s;
MolHandler mh1;
try {
s = new MolSearch();
s.setStereoCareChecking(false);
mh1 = new MolHandler(mol);
s.setQuery(mh1.getMolecule());
} catch (chemaxon.formats.MolFormatException e) {
System.out.println("Excepcion en la clase MolHandler (413): " + e.getMessage());
return null;
}
// Construimos la sentencia sql
String sql =
"SELECT idMolecular,smiles,jme,jmeDesplazamiento,jmeNumeracion FROM moleculas WHERE estado>0 AND estado<5 ";
if (!nombre.equals("") && (nombre != null)) sql += " AND nombre LIKE '" + nombre + "' ";
if (!nombresemi.equals("") && (nombresemi != null))
sql += " AND nombresemisistematico LIKE '" + nombresemi + "' ";
if (!familia.equals("") && (familia != null)) sql += " AND familia LIKE '" + familia + "' ";
if (!subfamilia.equals("") && (subfamilia != null))
sql += " AND subfamilia LIKE '" + subfamilia + "' ";
if (!subsubfamilia.equals("") && (subsubfamilia != null))
sql += " AND subsubfamilia LIKE '" + subsubfamilia + "' ";
if (!formula.equals("") && (formula != null))
sql += " AND formulamolecular LIKE '" + formula + "' ";
sql += "AND ( ";
for (int i = 0; i < resultados.length; i++) {
if (i == (resultados.length) - 1) sql += "idMolecular=" + resultados[i];
else sql += "idMolecular=" + resultados[i] + " OR ";
}
sql += ") order by idmolecular";
// Nos conectamos con la base de datos y ejecutamos la sentencia sql
Connection con = null;
Statement stmt = null;
ResultSet rs = null;
try {
con = Conexion2.conectar();
stmt = con.createStatement();
rs = stmt.executeQuery(sql);
// Recorremos las filas que nos resultan de ejecutar la sentencia sql
while (rs.next()) {
// Recojemos datos
int id = rs.getInt(1);
String micodigo = rs.getString(2);
String mijme = rs.getString(3);
String mijmedes = rs.getString(4);
String mijmenum = rs.getString(5);
// Determinamos si es una subestructura o no
MolHandler mh2 = null;
boolean subestructura = false;
try {
mh2 = new MolHandler(micodigo);
s.setTarget(mh2.getMolecule());
subestructura = s.isMatching();
} catch (chemaxon.formats.MolFormatException e) {
System.out.println("Excepcion en la clase MolHandler (480): " + e.getMessage());
return null;
} catch (chemaxon.sss.search.SearchException e) {
System.out.println("Excepcion en el metodo isMatching:" + e.getMessage());
return null;
}
// En caso de que lo sea guardamos los datos necesarios
if (subestructura) {
ids += id + "*";
smiles += micodigo + "*";
jme += mijme + "*";
jmedes += mijmedes + "*";
jmenum += mijmenum + "*";
}
}
StringTokenizer resultado1 = new StringTokenizer(ids, "*");
StringTokenizer resultado2 = new StringTokenizer(smiles, "*");
StringTokenizer resultado3 = new StringTokenizer(jme, "*");
StringTokenizer resultado4 = new StringTokenizer(jmedes, "*");
StringTokenizer resultado5 = new StringTokenizer(jmenum, "*");
int registros = resultado1.countTokens();
res = new Object[registros][5];
int indice = 0;
while (resultado1.hasMoreElements()) {
res[indice][0] = resultado1.nextToken();
res[indice][1] = resultado2.nextToken();
res[indice][2] = resultado3.nextToken();
res[indice][3] = resultado4.nextToken();
res[indice][4] = resultado5.nextToken();
indice++;
}
rs.close();
stmt.close();
Conexion2.desconectar(con);
} catch (java.sql.SQLException e) {
System.out.println("Excepcion al realizar la busqueda: " + e.getMessage());
return null;
} catch (java.lang.ClassNotFoundException e) {
System.out.println("Excepcion al realizar la busqueda: " + e.getMessage());
return null;
}
return res;
}
/**
* Este metodo es igual que el de arriba pero solo retorna los idMoleculares reduciendo el tiempo
* de busqueda
*
* <p>Este metodo permitira realizar una busqueda por subestructura molecular dentro de todos los
* registros de la base de datos.<br>
* <br>
*
* @param mol Cadena donde esta guardado el codigo smiles de la subestructura que deberan contener
* todas aquellas moleculas que nos devuelva este metodo.
* @param familia Familia a la que deben pertencer los compuestos a buscar.
* @param subfamilia Subfamilia(o grupo) a la que deben pertencer los compuestos a buscar.
* @param subsubfamilia Subsubfamilia(o tipo) a la que deben pertencer los compuestos a buscar.
* @return Object[][] Array bidimensional con la informacion correspondiente a cada uno de los
* compuestos que cumplen las condiciones de busqueda, contiene el identificador, el smiles,
* el jme y el jmeDesplazamiento. r>
*/
public static Object[][] busquedaIds(
String mol,
String familia,
String subfamilia,
String subsubfamilia,
String nombre,
String nombresemi,
String formula) {
Object[][] res = null;
String ids = "";
// Preparamos la busqueda por subestructura
MolSearch s;
MolHandler mh1;
try {
s = new MolSearch();
s.setStereoCareChecking(false);
mh1 = new MolHandler(mol);
s.setQuery(mh1.getMolecule());
} catch (chemaxon.formats.MolFormatException e) {
System.out.println("Excepcion en la clase MolHandler (214): " + e.getMessage());
return null;
}
String sql = "SELECT idMolecular,smiles FROM moleculas where estado>0 AND estado<5";
if (nombre != null) if (!nombre.equals("")) sql += " AND nombre LIKE '" + nombre + "' ";
if (nombresemi != null)
if (!nombresemi.equals("")) sql += " AND nombresemisistematico LIKE '" + nombresemi + "' ";
if (familia != null) if (!familia.equals("")) sql += " AND familia LIKE '" + familia + "' ";
if (subfamilia != null)
if (!subfamilia.equals("")) sql += " AND subfamilia LIKE '" + subfamilia + "' ";
if (subsubfamilia != null)
if (!subsubfamilia.equals("")) sql += " AND subsubfamilia LIKE '" + subsubfamilia + "' ";
if (formula != null)
if (!formula.equals("")) sql += " AND formulamolecular LIKE '" + formula + "' ";
sql += " order by idmolecular";
// Nos conectamos con la base de datos y ejecutamos la sentencia sql
Connection con = null;
Statement stmt = null;
ResultSet rs = null;
try {
con = Conexion2.conectar();
stmt = con.createStatement();
rs = stmt.executeQuery(sql);
// Recorremos las filas que nos resultan de ejecutar la sentencia sql
while (rs.next()) {
// Recogemos datos
int id = rs.getInt(1);
String micodigo = rs.getString(2);
// Determinamos si es una subestructura o no
MolHandler mh2;
boolean subestructura = false;
try {
mh2 = new MolHandler(micodigo);
s.setTarget(mh2.getMolecule());
subestructura = s.isMatching();
} catch (chemaxon.formats.MolFormatException e) {
System.out.println("Excepcion en la clase MolHandler (276): " + e.getMessage());
e.printStackTrace(System.out);
return null;
} catch (chemaxon.sss.search.SearchException e) {
System.out.println("Excepcion en el metodo isMatching:" + e.getMessage());
return null;
}
// En caso de que lo sea guardamos los datos necesarios
if (subestructura) {
ids += id + "*";
}
}
StringTokenizer resultado1 = new StringTokenizer(ids, "*");
int registros = resultado1.countTokens();
res = new Object[registros][2];
int indice = 0;
while (resultado1.hasMoreElements()) {
res[indice][0] = resultado1.nextToken();
indice++;
}
rs.close();
stmt.close();
Conexion2.desconectar(con);
} catch (java.sql.SQLException e) {
System.out.println("Excepcion al realizar la busqueda: " + e.getMessage());
return null;
} catch (java.lang.ClassNotFoundException e) {
System.out.println("Excepcion al realizar la busqueda: " + e.getMessage());
return null;
}
return res;
}