コード例 #1
0
ファイル: EnzymeTypeMaker.java プロジェクト: vagisha/msdapl
  private static boolean isCynanogenBromide(MsEnzymeIn enzyme) {

    // 4.  Cyanogen_Bromide       1      M           -
    return ("M".equals(enzyme.getCut())
        && "-".equals(enzyme.getNocut())
        && enzyme.getSense() == Sense.CTERM);
  }
コード例 #2
0
ファイル: EnzymeTypeMaker.java プロジェクト: vagisha/msdapl
  private static boolean isTrypsin(MsEnzymeIn enzyme) {

    // 1.  Trypsin                1      KR          P
    return (("RK".equals(enzyme.getCut()) || "KR".equals(enzyme.getCut()))
        && "P".equals(enzyme.getNocut())
        && enzyme.getSense() == Sense.CTERM);
  }
コード例 #3
0
ファイル: EnzymeTypeMaker.java プロジェクト: vagisha/msdapl
  private static boolean isArgC(MsEnzymeIn enzyme) {

    // 9.  Trypsin_R              1      R           P
    return ("R".equals(enzyme.getCut())
        && "P".equals(enzyme.getNocut())
        && enzyme.getSense() == Sense.CTERM);
  }
コード例 #4
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ファイル: EnzymeTypeMaker.java プロジェクト: vagisha/msdapl
  private static boolean isLysCNoCutP(MsEnzymeIn enzyme) {

    // 8.  Trypsin_K              1      K           P
    return ("K".equals(enzyme.getCut())
        && "P".equals(enzyme.getNocut())
        && enzyme.getSense() == Sense.CTERM);
  }
コード例 #5
0
ファイル: EnzymeTypeMaker.java プロジェクト: vagisha/msdapl
  private static boolean isModifiedChymotrypsin(MsEnzymeIn enzyme) {

    // 11. Cymotryp/Modified      1      FWYL        P
    return (enzyme.getCut() != null
        && enzyme.getCut().length() == 4
        && enzyme.getCut().contains("F")
        && enzyme.getCut().contains("W")
        && enzyme.getCut().contains("Y")
        && enzyme.getCut().contains("L")
        && "P".equals(enzyme.getNocut())
        && enzyme.getSense() == Sense.CTERM);
  }
コード例 #6
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ファイル: EnzymeTypeMaker.java プロジェクト: vagisha/msdapl
  private static boolean isLysC(MsEnzymeIn enzyme) {

    return ("K".equals(enzyme.getCut())
        && "-".equals(enzyme.getNocut())
        && enzyme.getSense() == Sense.CTERM);
  }