Java ReadBackedPileup.getPileupStringの例

コード例 #1

ファイル: Pileup.java プロジェクト: GinYan/gatk

  @Override
  public String map(RefMetaDataTracker tracker, ReferenceContext ref, AlignmentContext context) {
    final String rods = getReferenceOrderedData(tracker);

    ReadBackedPileup basePileup = context.getBasePileup();

    final StringBuilder s = new StringBuilder();
    s.append(String.format("%s %s", basePileup.getPileupString((char) ref.getBase()), rods));
    if (SHOW_VERBOSE) s.append(" ").append(createVerboseOutput(basePileup));
    s.append("\n");

    return s.toString();
  }