Java SAMRecord.getStringAttributeの例

コード例 #1

ファイル: NWaySAMFileWriter.java プロジェクト: GinYan/gatk

 public void addAlignment(SAMRecord samRecord) {
   final SAMReaderID id = toolkit.getReaderIDForRead(samRecord);
   String rg = samRecord.getStringAttribute("RG");
   if (rg != null) {
     String rg_orig = toolkit.getReadsDataSource().getOriginalReadGroupId(rg);
     samRecord.setAttribute("RG", rg_orig);
   }
   addAlignment(samRecord, id);
 }