@Override public int compareTo(final BasePairCharType c) { final char input = getChar(); final char compare = c.getChar(); if (input == compare) { return 0; } else { switch (input) { case ' ': return -1; case 'N': if (compare == ' ') return 1; else return -1; case 'A': if (compare == ' ' || compare == 'N') return 1; else return -1; case 'T': if (compare == 'G' || compare == 'C') return -1; else return 1; case 'G': if (compare == 'C') return -1; else return 1; default: return 1; } } }
@Override public void set(final BasePairCharType c) { dataAccess.setValue(i, c.getChar()); }