コード例 #1
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ファイル: Cov2lr.java プロジェクト: mzueva/bioinformatics
  private void addGene(
      Map<String, Gene> map, String gene, String chr, long start, long end, long len) {

    if (map.containsKey(gene)) {
      Gene geneObj = map.get(gene);
      // move start
      if (geneObj.getStart() > start) {
        geneObj.setStart(start);
      }
      // move end
      if (geneObj.getEnd() < end) {
        geneObj.setEnd(end);
      }
      // update length
      geneObj.setLen(geneObj.getLen() + len);
    } else {
      Gene geneObj = new Gene(gene, chr, start, end, len);
      map.put(gene, geneObj);
    }
  }