コード例 #1
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ファイル: DistanceMatrix.java プロジェクト: 4ment/beast-mcmc
 /** constructor taking a dimension */
 public DistanceMatrix(TaxonList taxa) {
   super();
   this.taxa = taxa;
   dimension = taxa.getTaxonCount();
   distances = new double[dimension][dimension];
   distancesKnown = true;
 }
コード例 #2
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 public int sizeOfIntersection(TaxonList tl1, TaxonList tl2) {
   int nIn = 0;
   for (int j = 0; j < tl1.getTaxonCount(); ++j) {
     if (tl2.getTaxonIndex(tl1.getTaxon(j)) >= 0) {
       ++nIn;
     }
   }
   return nIn;
 }
コード例 #3
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 public boolean contained(TaxonList taxons, TaxonList taxons1) {
   return sizeOfIntersection(taxons, taxons1) == taxons.getTaxonCount();
 }