コード例 #1
0
  @Test
  public void testReaderReturnsEmptyIteratorForNullValue() {
    Mockito.when(tabixReader.query("13:12-12")).thenReturn(null);

    Iterable<Entity> actual =
        tabixRepository.findAll(tabixRepository.query().eq(CHROM, "13").and().eq(POS, 12));

    assertEquals(Collections.emptyList(), Lists.newArrayList(actual));
  }
コード例 #2
0
  @Test
  public void testReaderFiltersRows() throws IOException {
    Mockito.when(tabixReader.query("13:12-12")).thenReturn(iterator);
    Mockito.when(iterator.next())
        .thenReturn(
            "id1\t13\t11\tnope", "id2\t13\t12\tyup", "id3\t13\t12\tyup", "id3\t13\t13\tnope", null);

    Iterable<Entity> actual =
        tabixRepository.findAll(tabixRepository.query().eq(CHROM, "13").and().eq(POS, 12));

    Entity e1 = new MapEntity(entityMetaData);
    e1.set("ID", "id2");
    e1.set("#CHROM", "13");
    e1.set("POS", 12l);
    e1.set("Description", "yup");

    Entity e2 = new MapEntity(entityMetaData);
    e2.set("ID", "id3");
    e2.set("#CHROM", "13");
    e2.set("POS", 12l);
    e2.set("Description", "yup");
    assertEquals(Lists.newArrayList(actual), Arrays.asList(e1, e2));
  }