private static final Map<String, Object> subsetAttributes(
     final CommonInfo igc, final Collection<String> keysToPreserve) {
   Map<String, Object> attributes = new HashMap<String, Object>(keysToPreserve.size());
   for (final String key : keysToPreserve) {
     if (igc.hasAttribute(key)) attributes.put(key, igc.getAttribute(key));
   }
   return attributes;
 }
コード例 #2
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public int getAttributeAsInt(String key, int defaultValue) {
   return commonInfo.getAttributeAsInt(key, defaultValue);
 }
コード例 #3
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public String getAttributeAsString(String key, String defaultValue) {
   return commonInfo.getAttributeAsString(key, defaultValue);
 }
コード例 #4
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public Object getAttribute(String key, Object defaultValue) {
   return commonInfo.getAttribute(key, defaultValue);
 }
コード例 #5
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public Object getAttribute(String key) {
   return commonInfo.getAttribute(key);
 }
コード例 #6
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public boolean hasAttribute(String key) {
   return commonInfo.hasAttribute(key);
 }
コード例 #7
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public Map<String, Object> getAttributes() {
   return commonInfo.getAttributes();
 }
コード例 #8
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 // ---------------------------------------------------------------------------------------------------------
 //
 // get routines to access context info fields
 //
 // ---------------------------------------------------------------------------------------------------------
 public String getSource() {
   return commonInfo.getName();
 }
コード例 #9
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public double getLog10PError() {
   return commonInfo.getLog10PError();
 }
コード例 #10
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public boolean hasLog10PError() {
   return commonInfo.hasLog10PError();
 }
コード例 #11
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public boolean filtersWereApplied() {
   return commonInfo.filtersWereApplied();
 }
コード例 #12
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public boolean isNotFiltered() {
   return commonInfo.isNotFiltered();
 }
コード例 #13
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public Set<String> getFilters() {
   return commonInfo.getFilters();
 }
コード例 #14
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public Set<String> getFiltersMaybeNull() {
   return commonInfo.getFiltersMaybeNull();
 }
コード例 #15
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public double getAttributeAsDouble(String key, double defaultValue) {
   return commonInfo.getAttributeAsDouble(key, defaultValue);
 }
コード例 #16
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public boolean getAttributeAsBoolean(String key, boolean defaultValue) {
   return commonInfo.getAttributeAsBoolean(key, defaultValue);
 }
コード例 #17
0
ファイル: VariantContext.java プロジェクト: jstjohn/gatk
 public double getPhredScaledQual() {
   return commonInfo.getPhredScaledQual();
 }