@Override
public Object getParameters() {
StructureAlignment alignment = getAlgorithm();
CeParameters aligParams = (CeParameters) alignment.getParameters();
CeStartupParams startParams = (CeStartupParams) params;
if (aligParams == null) aligParams = new CECPParameters();
// Copy relevant parameters from the startup parameters
aligParams.setMaxGapSize(startParams.getMaxGapSize());
aligParams.setWinSize(startParams.getWinSize());
aligParams.setScoringStrategy(startParams.getScoringStrategy());
aligParams.setMaxOptRMSD(startParams.getMaxOptRMSD());
aligParams.setGapOpen(startParams.getGapOpen());
aligParams.setGapExtension(startParams.getGapExtension());
aligParams.setShowAFPRanges(startParams.isShowAFPRanges());
return aligParams;
}
