public String translate(Sequence s, GeneticCode gncode) {
String AA = "";
Sequence n = new Sequence();
n.setSequence(s.getSequence().toUpperCase());
int pos = 0;
boolean found = false;
// --Find start codon
// while(!found&&pos<n.getLen()-2) {
// String start=n.getSequence().substring(pos, pos+3);
// if (gncode.getStart_code().get(start)!=null) {
// AA+=""+gncode.getStart_code().get(start);
// pos+=3;
// found=true;
// }
// pos++;
// }
// --return empty string if not found
// if (!found) {
// Config.log("No Start");
// return AA;
// }
pos = start;
// --Continue
n.Remove(0, pos); // remove till start
String codon = n.Remove(0, 3);
// Config.log(n.getSequence());
while (!codon.isEmpty() && n.getLen() > 0) {
// Config.log(codon+" "+gncode.getCode().get(codon));
String aa = gncode.getCode().get(codon);
// Config.log(aa);
if (aa != null) {
AA += aa;
} else {
if (codon.length() == 3) AA += "-";
}
codon = n.Remove(0, 3);
}
// --Remove ending "*" if found
if (AA.endsWith("*")) {
AA = AA.substring(0, AA.length() - 1);
}
return AA;
}
public String aa_to_dna(Sequence original_dna, Sequence protein, GeneticCode gncode) {
LinkedList<String> codons = new LinkedList<String>();
String AA = "";
String dna = "";
Sequence n = new Sequence();
n.setSequence(original_dna.getSequence().toUpperCase());
int pos = 0;
boolean found = false;
// --Find start codon
// while(!found&&pos<n.getLen()-2) {
// String start=n.getSequence().substring(pos, pos+3);
// if (gncode.getStart_code().get(start)!=null) {
// AA+=""+gncode.getStart_code().get(start);
// codons.add(start);
// pos+=3;
// found=true;
// }
// pos++;
// }
// --return empty string if not found
// if (!found) {
// Config.log("No Start");
// return AA;
// }
pos = start;
// --MAKE THE ORIGINAL TRANSLATION
n.Remove(0, pos); // remove till start
String codon = n.Remove(0, 3);
// --Debug
// Config.log(n.getSequence());
while (!codon.isEmpty() && n.getLen() > 0) {
// Config.log(codon+" "+gncode.getCode().get(codon));
String aa = gncode.getCode().get(codon);
// --Debug
// Config.log(aa);
if (aa != null) {
AA += aa;
codons.add(codon);
} else {
if (codon.length() == 3) AA += "-";
}
codon = n.Remove(0, 3);
}
// --MAKE THE REAL cDNA
for (int i = 0; i < protein.getLen(); i++) {
char c = protein.getSequence().charAt(i);
// Config.log(c);
if (c == '-' || c == '.') {
dna += "---";
} else {
// --remove stop codon
String codon_to_add = codons.poll();
if (codon_to_add != null) {
if (gncode.getCode().get(codon_to_add).equals("*")) codon_to_add = "---";
dna += codon_to_add;
}
}
}
return dna;
}