Ejemplo n.º 1
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  /** @param args */
  public static void main(String[] args) {
    NWAligner nw = new NWAligner(100);
    // Scanner scanner = new Scanner(System.in);
    // Tools.debug("每行输入一个字符串");
    // lcs.setSequences(scanner.nextLine(), scanner.nextLine());

    String a = "A-";
    String b = "A-";

    Tools.debug(a);
    Tools.debug(b);

    nw.setScoringMatrixName("blosum50");
    nw.setGapOpen(8);
    // nw.setScoringMatrixName("pam250");
    // nw.setGapOpen(5);
    Tools.debug(nw.align(a, b).trace().getScore());
  }