Ejemplos de XTandemMain.getScoringMods en Java

Ejemplo n.º 1

Archivo: ProteinMapper.java Proyecto: tanfei/distributed-tools

  public ProteinMapper(XTandemMain app) {
    super(app);

    ScoringModifications scoringMods = app.getScoringMods();

    PeptideModification[] modifications = scoringMods.getModifications();
    m_Modifications = modifications;

    setGenerateDecoysForModifiedPeptides(
        app.getBooleanParameter(
            XTandemUtilities.CREATE_DECOY_FOR_MODIFIED_PEPTIDES_PROPERTY, Boolean.FALSE));

    // hard code modifications of cystein
  }