private static void resetAttributes(
SAMRecord rec, List<String> optFieldTags, List<Object> optFieldValues) {
ListIterator<String> iterTags = optFieldTags.listIterator();
ListIterator<Object> iterValues = optFieldValues.listIterator();
while (iterTags.hasNext()) {
rec.setAttribute(iterTags.next(), iterValues.next());
}
}
private static void clearAttributes(
SAMRecord rec, List<String> optFieldTags, List<Object> optFieldValues) {
ListIterator<String> iter = saveTags.listIterator();
while (iter.hasNext()) {
String tag = iter.next();
Object attr = rec.getAttribute(tag);
if (null != attr) {
optFieldTags.add(tag);
optFieldValues.add(attr);
}
}
rec.clearAttributes();
}