Beispiel #1
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  private static void resetAttributes(
      SAMRecord rec, List<String> optFieldTags, List<Object> optFieldValues) {
    ListIterator<String> iterTags = optFieldTags.listIterator();
    ListIterator<Object> iterValues = optFieldValues.listIterator();

    while (iterTags.hasNext()) {
      rec.setAttribute(iterTags.next(), iterValues.next());
    }
  }
Beispiel #2
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  private static void clearAttributes(
      SAMRecord rec, List<String> optFieldTags, List<Object> optFieldValues) {
    ListIterator<String> iter = saveTags.listIterator();

    while (iter.hasNext()) {
      String tag = iter.next();
      Object attr = rec.getAttribute(tag);
      if (null != attr) {
        optFieldTags.add(tag);
        optFieldValues.add(attr);
      }
    }
    rec.clearAttributes();
  }