@Override
public int compareTo(final BasePairCharType c) {
final char input = getChar();
final char compare = c.getChar();
if (input == compare) {
return 0;
} else {
switch (input) {
case ' ':
return -1;
case 'N':
if (compare == ' ') return 1;
else return -1;
case 'A':
if (compare == ' ' || compare == 'N') return 1;
else return -1;
case 'T':
if (compare == 'G' || compare == 'C') return -1;
else return 1;
case 'G':
if (compare == 'C') return -1;
else return 1;
default:
return 1;
}
}
}
@Override
public void set(final BasePairCharType c) {
dataAccess.setValue(i, c.getChar());
}
