protected void processSpectrum(SpectrumData spectrum, IDiscoveryDataHolder hd) {
double score;
if (USE_EXPECTED) score = spectrum.getExpectedValue();
else
//noinspection ConstantConditions
score = spectrum.getHyperScoreValue();
if (spectrum.isTrueHit()) {
hd.addTrueDiscovery(score);
// if (spectrum.isModified())
// m_ModifiedHandler.addTrueDiscovery(score);
// else
// m_UnModifiedHandler.addTrueDiscovery(score);
} else {
hd.addFalseDiscovery(score);
if (spectrum.isModified()) throw new UnsupportedOperationException("Fix This"); // ToDo
// m_ModifiedHandler.addFalseDiscovery(score);
// else
// m_UnModifiedHandler.addFalseDiscovery(score);
}
}
