Ejemplos de Genotype.isAvailable en Java

Ejemplo n.º 1

Archivo: VariantContext.java Proyecto: jstjohn/gatk

  private void validateGenotypes() {
    if (this.genotypes == null) throw new IllegalStateException("Genotypes is null");

    for (final Genotype g : this.genotypes) {
      if (g.isAvailable()) {
        for (Allele gAllele : g.getAlleles()) {
          if (!hasAllele(gAllele) && gAllele.isCalled())
            throw new IllegalStateException(
                "Allele in genotype " + gAllele + " not in the variant context " + alleles);
        }
      }
    }
  }